انحراف مجاهدین خلق را نیز شهید مطهری کشف کرد. قرار بود اولین گروهی که بعد از ورود امام به ایران به استقبالش بروند مجاهدین خلق باشند، که همان شب شهید مطهری با نوفل لوشاتو تماس می‌گیرند و می‌گویند: به امام بگویید که اگر مجاهدین خلق بیایند دور مرا خط بکشید. امام نیز حرف‌های استاد مطهری را تأیید می‌کنند.